Honda a prezentat discret facelift-ul modelului CR-Z, în cadrul Salonului Auto Internațional din Indonezia. Modelul dispune de o nouă bară frontală, o grilă refăcută și blocuri optice restilizate. De asemenea, în partea din spate a fost adăugat un nou difuzor de aer și acum sunt disponibile jante din aliaj de 17 inch.
La interior schimbările sunt minore, dar includ un sistem denumit Plus Sport care îmbunătățește răspunsul motorului la atingerea unui buton, potrivit Worldcarfans.com. CR-Z 2013 dispune de un motor de 1.5 litri i-VITEC și de unul electric. În total, cu ajutorul unei transmisii variabile, cele două produc 99 kW / 133 cp și un cuplu de 172 Nm.
Modelele echipate cu transmisie manuală cu șase trepte sunt mai puternice, dezvoltând în total 100 kW / 134 cp și un cuplu de 190 Nm.